為獎勵榮譽學程結業生續留母校修讀碩士學位，第1學年每學期發給新台幣3萬元「榮譽學程碩士班獎學金」，以資鼓勵。
111學年度第1學期獲獎同學共計9位，教科系蔡沛璇、土木系陳冠宇、資工系鄭仲婷、航太系陳品彤、資管系廖蔓瑄、風保系劉力銘、劉祐姍、蔡沛津、運管系姜姝蓉。